El Comité de Seguridad Nacional ofrece a la estudiante universitaria Caitlin Fairchild una beca para asistir a una escuela militar secreta ubicada en una base del desierto de EE. UU. Mientras está allÃ, conoce a nuevos amigos Percival Chang (Grunge) y Roxanne Spaulding (Freefall). Sin que ellos lo sepan, los directores de la escuela, Ivana Baiul y Matthew Callahan, están llevando a cabo un proyecto conocido como Gen 13, en el que realizan experimentos genéticos en sus alumnos en un complot para convertirlos en seres con superpoderes y lanzar una insurrección contra el gobierno. La única persona en su camino es el coronel John Lynch de Operaciones Internas, un miembro original del proyecto Gen 12 que está investigando el proyecto Gen 13 y está decidido a exponer las operaciones ilegales de los directores. Se presenta a Caitlin y menciona que conocÃa a su padre, Alex.
Mientras siente náuseas y busca la enfermerÃa una noche, Caitlin encuentra un laboratorio y busca en sus bases de datos información sobre su padre, descubriendo las cosas que tuvo que soportar como miembro de Gen 12. A ella se unen Grunge y Roxy. , pero los tres son descubiertos por un guardia. Caitlin muestra habilidades sobrehumanas y termina derrotando a varios guardias para que el trÃo pueda escapar. Grunge y Roxy pronto son capturados, pero Caitlin logra escapar, robar un traje exo y regresar a la base para ayudar a rescatar a sus amigos. Ivana está convencida de que Grunge y Roxy son espÃas de Lynch y se niega a creer sus negaciones. Pronto, recibe la alerta de que Lynch llega con un escuadrón para investigar sus actividades ilegales. Una vez que ella se va, Matthew les revela a Grunge y Roxy que él es psÃquico y sabe que están diciendo la verdad. Tiene la intención de torturarlos hasta que se vuelvan Gen Active o mueran. Grunge se vuelve Gen Active y gana el poder de la imitación de sustancias. Se libera, noquea a Threshold y libera a Roxy. Se besan después.
Después de una escaramuza con Ivana, el trÃo intimida a un piloto para que los lleve a casa en helicóptero mientras la lucha entre las fuerzas de Ivana y Lynch continúa. Desafortunadamente, Threshold evita que escapen y destruye el helicóptero. Roxy, sin saberlo, activa sus poderes de control de la gravedad y frena su caÃda. Threshold desciende para revelar que tiene la intención de derrocar lo que cree que es un gobierno corrupto que habÃa matado a sus padres. El trÃo lo ve como un fanático y comienza a pelear con él. Lo derrotan justo antes de que llegue Lynch para calmar la situación y revela que Caitlin y Threshold son medios hermanos. Lynch explica que después de enterarse de que el NSC los perseguÃa a ellos dos, su madre hizo todo lo posible para protegerlos, pero cuando el padre de Caitlin no pudo ayudarla, ella fue con su exesposo Callahan, otro miembro de Gen 12 y Matthew's. padre. Callahan trató de sacarlos del paÃs, sin embargo, a pesar de todos sus esfuerzos, el NSC los mató a ambos y capturó a Matthew. Lynch no pudo llegar a tiempo para salvar a Matthew y sus padres, pero encontró a la pequeña Caitlin y se la devolvió a su tÃo una vez que se suspendió el programa SPB del gobierno. Caitlin se da cuenta de que sus pesadillas recurrentes son recuerdos reprimidos de ese evento.
Mientras tanto, Ivana hace que la base y la escuela se autodestruyan. Un deslizamiento de tierra es causado por la destrucción de la base y se dirige hacia la pandilla. Con tan poco tiempo para escapar, Threshold se sacrifica para ayudar a su hermana a escapar. Lynch les explica al trÃo que tratar de dejar Operaciones internas nunca terminarÃa bien, pero se ofrece a ayudar a entrenarlos para usar sus poderes para hacer del mundo un lugar mejor, y Caitlin y sus amigos aceptan.