Skyline
Jarrod y su esposa Elaine llegan a Los Ángeles, California, para la fiesta de cumpleaños de Terry, el mejor amigo de Jarrod. Lo celebran con la mujer de Terry, Candice, y su ayudante, Denise. Durante una discusión privada sobre si deberían mudarse o no, Elaine revela que está embarazada.
A la mañana siguiente, unas luces azules descienden del cielo e hipnotizan a cualquiera que las mire. Todas las personas hipnotizadas se vuelven zombis e inmovilizadas, y son recogidas por las máquinas de luz. Esto es obra de varias naves alienígenas que descienden del cielo. Jarrod está a punto de ser capturado cuando Terry le aborda. Los dos escapan de los drones alienígenas y se reúnen con Elaine.
Beyond Skyline
En la misma época que Skyline, Mark Corley, un detective de la policía de Los Ángeles, ayuda a su hijo Trent, del que está separado, a salir de la cárcel justo cuando comienza una invasión alienígena. Gran parte de la población de la ciudad es llevada a varias naves espaciales por una luz azul. Mark dirige a un grupo de humanos supervivientes a través de los túneles subterráneos del metro para escapar, aunque la mayoría de los humanos son asesinados o abducidos. Los supervivientes, Mark, Trent, la operadora de tránsito Audrey y el vagabundo "Sarge" (que es inmune a la luz azul debido a su ceguera), escapan al puerto deportivo tras la destrucción nuclear de la ciudad, sólo para ser abducidos en la nave insignia alienígena.
A bordo, Mark intenta encontrar a su hijo y se abre paso a través de varias cámaras, donde se encuentra con la superviviente Elaine y su marido transformado Jarrod (de la primera película). Elaine explica que Jarrod conserva el control de su mente a pesar de haber sido transformado en un soldado alienígena biomecánico. Aunque Elaine sólo está embarazada de tres meses, su embarazo se ha acelerado y da a luz a una niña.
Skylines
Poco después de la película anterior, Rose lidera la flota humana contra los alienígenas. Los alienígenas, ahora llamados "cosechadores", están a bordo de la Armada, una nave nodriza en órbita alrededor de la Luna. Tras atravesar las líneas enemigas, Rose se congela antes de poder disparar y una de sus naves es destruida. Con los alienígenas preparándose para disparar contra la Tierra, Rose se ve obligada a destruir una de sus propias naves cuando ésta entra en el fuego cruzado. Sacrifica a miles de humanos, pero consigue destruir la Armada. Atormentada por la culpa, Rose desaparece mientras la humanidad se reconstruye, conviviendo con miles de millones de "Pilotos", híbridos alienígenas-humanos liberados.
Cinco años después de la batalla, Rose vive en una ciudad de tiendas de campaña cerca de las ruinas de Londres, evitando a las fuerzas de la resistencia que la buscan y manteniendo a raya los efectos envejecedores de su naturaleza híbrida con la ayuda de transfusiones de sangre hiperoxigenada preparadas por su amigo el Dr. Mal. Una pandemia vírica golpea a los Pilotos y a cualquiera que utilice miembros de Piloto trasplantados. El virus se come vivos a los Pilotos y los devuelve a su estado de lavado de cerebro. El líder de la resistencia, Leon, captura a Rose y la lleva ante el General Radford, quien revela que el núcleo de la Armada se dirigió a Cobalt One, el mundo natal de los Cosechadores, antes de la destrucción de la nave. Sólo con el núcleo de la Armada tienen una oportunidad de salvar a los Pilotos. Rose acepta a regañadientes unirse a la misión.