La pelÃcula comienza con un narrador explicando el estado de la guerra. Los Separatistas controlan la mayorÃa de las hiperrutas, dejando a las fuerzas de la República atoradas en diferentes partes del Borde Exterior. Un Tridente; (una nave en forma de pulpo) se dirige a Tatooine para capturar a Rotta, el hijo de Jabba el hutt, como parte de un plan para que los hutts se unan a las Guerras Clónicas. Mientras tanto, una feroz batalla toma lugar en el planeta cristalino, Christophsis, entre el muy limitado Ejército y las fuerzas de la Asamblea Minorista. Con la ayuda de Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker, Rex y Cody, los clones avanzaron con seguridad hacia las fuerzas Separatistas, dándole a la República una pronta victoria. Sin embargo, el ejército droide al mando del general Whorm Loathsom pronto regresó para continuar con la lucha, y sin comunicaciones ni la habilidad de traer refuerzos por aire, el destino de los pocos soldados clon restantes estuvo en manos de Obi-Wan y Anakin. Pronto llega un transporte con una entrega importante; los Jedi van a recibir la visita. Estos se encuentran con una joven padawan llamada Ahsoka Tano, que insiste que el Maestro Yoda la envió para ser la nueva padawan de Anakin. La batalla pronto comenzó de nuevo, con las fuerzas Separatistas avanzando protegidas por un escudo creciente que la artillerÃa no podÃa penetrar. Con la tarea de eliminar el escudo deflector, Anakin y Ahsoka tuvieron éxito al penetrar las lÃneas enemigas, usando todo su sigilo, astucia y habilidad para improvisar, mientras que Obi-Wan consiguió tiempo al tener una falsa negociación de rendición con Loathsom.
Poco después de la victoria final para la República en Christophsis, el Maestro Yoda llegó con el mensaje urgente de que un misterioso grupo de renegados habÃan secuestrado al hijo de Jabba, y que era trabajo de Anakin, Ahsoka, Rex y los clones rescatarlo y devolverlo a casa sano y salvo. Obi-Wan voló hacia Tatooine para asegurarle a Jabba que Rotta serÃa regresado a salvo y para conseguir una promesa de los hutts de usar sus rutas comerciales para obtener pasaje seguro dentro del Borde Exterior.
Después de una reunión en una nave insignia de la República, las fuerzas de Anakin descendieron por las nubes del planeta selvático Teth hacia uno de los muchos pilares naturales de roca que adornaban el paisaje. Bajo fuego pesado, Anakin, Ashoka y Rex atacaron al monasterio en la cima del pilar y encontraron a Rotta, que se habÃa puesto enfermo, solo para ser atrapados en una elaborada trampa: el conde Dooku habÃa orquestado el secuestro para culpar a los Jedi ante los hutts. Primero él permitió que los Jedi rescataran al joven hutt para tomar evidencia falsificada, para que después Asajj Ventress, supervisora de la operación, recuperara o matara al joven hutt. Dooku le llevó la grabación de los Jedi a Jabba, que de esa forma estuvo seguro de que los Jedi estaban tras el secuestro, y aceptó la oferta de Dooku de ayuda por parte de la CSI para encontrar a su hijo a cambio del uso de las rutas hiperespaciales que controlaban los hutts. Ajenos al complot, Anakin y Ahsoka trataron de llevar a Rotta con su padre, pero una emboscada de un ejército droide comandado por Ventress eliminó a casi todos los soldados clon bajo su mando.
Mientras discutÃan constantemente sobre el procedimiento adecuado, aunque al mismo tiempo ganaban cada vez más respeto uno por el otro, Anakin y Ahsoka lograron escapar de la trampa junto con R2-D2 y robaron un transporte (casi una chatarra voladora) de la CSI. La nave de la República en órbita casi destruyó el transporte, pues estaba clasificado como nave enemiga, pero Anakin, Ahsoka, Rotta y R2-D2 lograron salir del sistema y saltaron al hiperespacio rumbo a Tatooine. Durante el viaje Ahsoka consultó a un holograma de un droide médico, que le indicó una pastilla para tratar al hutt enfermo; pronto la salud de Rotta mejoró. Mientras tanto, Anakin habÃa alertado a Obi-Wan sobre la situación en Teth y el Maestro Jedi llegó justo a tiempo para ayudar a Rex y a los pocos soldados que le quedaban, y persiguió a Ventress por las grandes estancias del monasterio. En un puente, Obi-Wan estuvo a punto de derrotar a la Jedi Oscura, pero en el último momento ella llamó a un caza droide y este la rescató.
Mientras tanto, en Coruscant la senadora Padmé Amidala se enteró de la misión de Anakin. Preocupada por él, ella fue con el Canciller Supremo Palpatine sugiriendo que se estableciera una comunicación diplomática con los hutts para explicarles que todo habÃa sido un malentendido. Al no encontrar apoyo con Palpatine, Amidala se dirigió al bajo mundo de Coruscant, donde Ziro el hutt, el tÃo de Jabba, tenÃa un establecimiento de entretenimiento. El hutt se rehusó a cooperar, algo que Padmé encontró extraño, mas ella decidió espiarlo y descubrió la razón: Ziro estaba conspirando con el conde Dooku para maquinar la caÃda de su sobrino y arrebatarle el control de los clanes hutt. Padmé fue descubierta y hecha prisionera, pero gracias a una llamada de C-3PO ella pudo pedir ayuda, y pronto llegaron soldados clon a liberarla y a arrestar a Ziro.
Al llegar a Tatooine, Anakin y Ahsoka fueron atacados por MagnaGuardias en cazas estelares y su nave fue derribada, y solo gracias a la habilidad de piloto de Anakin lograron sobrevivir al choque. Los dos Jedi, el hutt y el droide astromecánico R2-D2 comenzaron su largo camino por el desierto ardiente, y aunque Ahsoka pensó que a Anakin le agradarÃa volver a su mundo natal, este le comentó que le desagradaba Tatooine, pues tenÃa muchos malos recuerdos del lugar. Al sentirse acorralados por Dooku, a Anakin se le ocurrió un plan: guardó rocas en su mochila para que el Sith creyera que era Rotta, mientras Ashoka, Rotta y R2-D2 se dirigieron a toda velocidad al Palacio de Jabba, sin ser molestados. Cerca del Palacio Ahsoka fue emboscada por tres MagnaGuardias, que derrotó tras una intensa pelea. Dooku encontró y atacó a Anakin, y descubrió el engaño demasiado tarde; el joven Jedi lo venció y se robó su moto swoop para llegar al Palacio de Jabba. Anakin y Ahsoka llegaron casi al mismo tiempo al Palacio, pero aunque llevaban al pequeño Rotta el poderoso Jabba ordenó su ejecución por su responsabilidad en el secuestro. Sin embargo, Padmé se comunicó con Jabba justo a tiempo para convencerlo de la traición de Ziro, por lo que Jabba ordenó la liberación de los Jedi y les aseguró que los hutts se encargarÃan de Ziro. Anakin y Ahsoka volvieron con Obi-Wan, Yoda y los clones, y la República obtuvo acceso sin restricciones por las rutas comerciales de los hutts en el Borde Exterior en agradecimiento por las acciones de los Jedi durante el secuestro de Rotta.